由于對不同的運(yùn)輸方式實行分別設(shè)立獨立機(jī)構(gòu)進(jìn)行管理的管理體制，中歐鐵路運(yùn)輸、公路運(yùn)輸、水上運(yùn)輸、管道運(yùn)輸和美國航空運(yùn)輸五種運(yùn)輸方式由四個行政級別平行的部級機(jī)構(gòu)管理，同時，各種運(yùn)輸方式之間存在差異性，因此，它們的改革進(jìn)度也就各不相同。交通部主管之下的公路運(yùn)輸和水上運(yùn)輸是運(yùn)輸領(lǐng)域中的改革先鋒，F(xiàn)BA航空運(yùn)輸、中歐鐵路運(yùn)輸和管道運(yùn)輸隨后跟進(jìn)。

改革開放以后，海洋運(yùn)輸仍然是國際貿(mào)易運(yùn)輸?shù)闹髑?，它的地位和影響隨著中國對外貿(mào)易的迅猛發(fā)展而日益突出，使它成為運(yùn)輸改革先鋒隊中的“排頭兵”。計劃經(jīng)濟(jì)體制下，F(xiàn)BA海運(yùn)企業(yè)主要歸屬交通部和外貿(mào)部管理，交通部管理的海運(yùn)企業(yè)占絕大部分，中國遠(yuǎn)洋運(yùn)輸公司專營遠(yuǎn)洋運(yùn)輸業(yè)務(wù)，與交通部的遠(yuǎn)洋運(yùn)輸管理局合二為一；廣州海運(yùn)局和上海海運(yùn)局是南北兩個航區(qū)的職能部門，負(fù)責(zé)沿海運(yùn)輸和港口管理，同時也是交通部直屬的沿海運(yùn)輸企業(yè)。

外貿(mào)部是除交通部之外唯一一個經(jīng)營運(yùn)輸業(yè)務(wù)的中央部門，F(xiàn)BA運(yùn)輸是開展是一個重要環(huán)節(jié)，因FBA運(yùn)輸?shù)闹匾酝赓Q(mào)部設(shè)立運(yùn)輸局和中國對外貿(mào)易運(yùn)輸公司，同樣實行政企合一。政企合一是計劃經(jīng)濟(jì)體制的產(chǎn)物，企業(yè)沒有自主權(quán)，聽命于政府，成為政府的附屬物。進(jìn)人改革開放時期，企業(yè)成為市場主體必然要求提高自主權(quán)，政企合一的模式也就必將要打破。FBA海運(yùn)體制改革的第一步就是處理好政府與企業(yè)的關(guān)系，實行政企分開，將政企合一的海運(yùn)機(jī)構(gòu)分解為海運(yùn)行政管理機(jī)構(gòu)和海運(yùn)企業(yè)，實現(xiàn)政府與企業(yè)的職能分開，減少政府對FBA海運(yùn)企業(yè)經(jīng)營的干預(yù)。在港口企業(yè)方面。政企分開的改革取得立竿見影的效果，該港貨物吞吐量1984年完成4016.7萬噸，比1983年增長14.1%；1985年完成4381萬噸，又比1984年增長9.1%。

對局屬各生產(chǎn)、服務(wù)單位，按照專業(yè)化協(xié)作的原則，進(jìn)行適當(dāng)?shù)穆?lián)合和改組，成立專業(yè)國際貨代公司.自1984年，上海港相繼組成2個集裝箱公司，煤炭裝卸公司和木材裝卸公司，并在煤炭裝卸公司進(jìn)行以“進(jìn)出噸煤工資含量包干”為主要內(nèi)容的綜合配套（管理體制、領(lǐng)導(dǎo)制度、干部人事制度、內(nèi)部分配制度等）改革試點。這些改革試點，都收到較好的效果，其中煤炭裝卸公司的一些改革措施受到國家計委、國家經(jīng)委等有關(guān)部門的重視。1985年10月交通部在上海召開會議向沿海港口推廣了他們的經(jīng)驗。貨代企業(yè)向獨立的市場主體過渡，政企分開就是要給企業(yè)松綁擴(kuò)權(quán)，把所有應(yīng)當(dāng)屬于企業(yè)的經(jīng)營自主權(quán)全部還給貨代企業(yè)。